Не выполнялись и мероприятия по подготовке гарнизонов укрепленных районов. По штатам мирного времени в состав укрепленного района входили: управление коменданта, до трех
отдельных пулеметных батальонов, отдельные рота связи и саперная рота. В штат отдельных укрепленных районов были введены артиллерийские полки (трехдивизионного состава) и до 6 взводов капонирной артиллерии. Кроме того, по мобилизационным планам части и подразделения штата мирного времени с началом войны на свей основе развертывали новые формирования – отдельные пулеметные батальоны и пулеметную роту. Отдельные саперная рота и рота связи должны были развертываться в батальоны, а взводы капонирной артиллерии – в батареи. Для доукомплектования гарнизонов укрепленных районов в начале июня 1941 года на учебные сборы из запаса было призвано 38,5 тысячи человек.
Одной из актуальных проблем было сохранение в тайне схемы расположения укрепленных районов, их системы
огня, взаимодействия с войсками полевого наполнения, механизированными формированиями. Высшее руководство предпринимало жесткие меры по предупреждению утечки секретной и совершенно секретной информации. Однако нерадивые военнослужащие, гражданский персонал, а порой и шпионы получали широкие возможности по сбору секретной информации, касающейся укрепленных районов.
В феврале – марте 1941 года Главный военный совет дважды обсуждал вопрос о быстрейшем завершении строительства новых укрепленных районов. Чтобы как-то компенсировать недостающее в них вооружение, решили демонтировать часть артиллерийского вооружения со старых УРов и переместить его на западное и юго-западное направления, временно приспособив орудия под новые сооружения. В то же время на разоружаемых участках было решено сохранить часть вооружения, так как старые укрепленные районы предполагалось использовать в военное время.