Чаще всего в кьёккенмёдингах встречаются раковины двустворчатых моллюсков Meretrix meretrix, знаменитого хамагури, кушанья из которого любимы и современными японцами, и устрица Ostrea gigas. Н. Мунро пришел к выводу, что критерием годности моллюска для пищевых целей, вероятно, был следующий: если в кипящей воде створки раковины раскрывались, то его съедали, если нет, то раковину просто выбрасывали. Для понимания хронологии эпохи Дзёмон особое значение имеют раковины двух видов моллюсков: Anadara granosa – моллюска, обитающего в теплой воде, и живущего в холодных морских водах Pecten yesoensis. По мере того как климат районов тихоокеанского побережья становился более холодным, Anadara granosa переселился южнее, и в верхних слоях раковинных
куч равнины Канто его раковины перестали встречаться. В ранние доисторические периоды его обычно собирали вблизи северного побережья острова Хонсю, а в настоящее время севернее Токийского залива он попадается очень редко. Тот факт, что в эпоху Дзёмон в северных районах количество этого моллюска уменьшается, несколько облегчает определение возраста, в которых находят его раковины. С Pecten yesoensis обратная ситуация. Сейчас он живет у восточного тихоокеанского побережья к северу от Токийского залива и у северо-западного побережья острова Хонсю. Он расселился там в Дзёмон и позже. Иногда раковины обоих видов моллюсков попадаются в одной раковинной куче, как, например, в Миятодзиме около города Сендай. Это можно считать свидетельством того, что люди эпохи Дзёмон жили в более теплом климате и что по крайней мере в южных районах Японии он был субтропическим. Несмотря на то что с тех пор климат претерпел изменения, раковины с острова Кюсю очень мало отличаются от раковин моллюсков, которых употребляют в пищу в наши дни.