Охотники за микробами. Как антибиотики, санация и дезинфекция ослабляют иммунитет и приводят к развитию новых заболеваний
Шрифт:
Генетические варианты, обеспечивающие это свойство, появляются интересным образом. Вполне возможно, что у некоторых клеток (в данном примере – десяти) из исходной культуры в миллиард был подобный вариант гена. Эти клетки существовали изначально. Описывая эксперимент в дарвиновских терминах, можно сказать, что стрептомицин «отбирает» в популяции варианты с резистентной формой гена, а вот отсутствие антибиотика в окружающей среде «отбирает» более эффективную, но уязвимую к нему обычную форму. Количество Е. coli с данным свойством зависит от того, как часто и как давно они контактировали со стрептомицином. Это простой пример естественного отбора, но конкуренция вечна.
Одни конкурируют с другими, охотятся на них и даже эксплуатируют, но есть и бесчисленные примеры сотрудничества и синергии. Например, если кишечная бактерия Bacteroides может очистить химическое вещество в окружающей среде, мешающее развитию Е. coli, то это выгодно второй. Одностороннее полезное отношение такого рода называется комменсализмом.
Еще более сильным бывает взаимодействие, если оно выгодно обеим сторонам. Представьте, что выделения Е. coli служат хорошим источником пищи для Bacteroides. В таком случае два этих вида будут собираться в одной среде. Оба всего лишь следуют собственной программе, но при этом помогают друг другу. Это симбиоз.
В иных условиях создают симбиоз другие бактерии. Например, в быстром ручье бактерия А поедает выделения бактерии Б, а также прилипает к острым краям камней. Бактерия В прилипать не умеет, но может прицепляться к бактерии А. Бактерия Б производит вещество, питательное для В. Вот вам и ситуация, где бактерии А, Б и В будут встречаться вместе, причем к выгоде для всех трех.
За более чем 4 миллиарда лет эволюции бактерий, учитывая, что некоторые делятся каждые двенадцать минут, а также их астрономическое количество, вариантов было практически бесконечное множество. Благодаря этому постоянному процессу появились отдельные бактерии, населившие все доступные ниши на Земле.
Иногда они стабильно живут вместе, формируя консорциум. Подобные кооперативные группы в изобилии встречаются в окружающей среде – в почве, ручьях, гниющих бревнах, горячих источниках – практически везде, где есть жизнь. Самое древнее однозначное доказательство существования жизни – это окаменевшие цианобактериальные маты возрастом 3,5 миллиарда лет, найденные в Австралии. Консорциумы, состоявшие из огромных лежащих друг на друге листов, – полноценные миниатюрные экосистемы. Скорее всего, одни занимались фотосинтезом, другие дышали кислородом, третьи осуществляли ферментацию, четвертые ели необычные неорганические соединения. То, что для одного вида – еда, для другого – яд. Собравшись в слои и объединив усилия, они смогли обеспечить выживание для всех.
Существуют микроорганизмы, которые умеют создавать вокруг себя слои вещества, похожего на желатин. Этот плотный гель называется биопленкой. Состав бывает разным, но он защищает бактерию от высыхания, избыточной жары, нападения иммунной системы. Его существование объясняет присутствие бактерий в самых жестоких условиях.
Микробы образуют консорциумы и огромные сети сотрудничества не только в почве, океане или каменистых поверхностях, но и в животных. В человеческом теле это главные персонажи моей истории про «пропавших микробов». Великий биолог Стивен Джей Гоулд дал нам точку отсчета для всей земной биологии, написав:
Мы живем в эпоху бактерий (как было вначале, как есть сейчас и как должно быть всегда, пока миру не настанет конец…) [8, см. с. 26]
Вот контекст человеческой жизни – и передний, и задний ее план.
1. «…и вы сотрете
2. «…за несколькими исключениями, лишь подтверждающими правило»(см. с. 18): Н. N. Schulz et al., "Dense populations of a giant sulfur bacterium in Namibian shelf sediments," Science 284 (1999): 493-95. Но такие большие микробы – аномалия в мире, где доминируют микроскопические формы.
3. «…между нами и кукурузой» (см. с. 19): N. Расе, "A molecular view of microbial diversity and the biosphere," Science 276 (1997): 734- 40. Карл Вёзе, Норман Пэйс и другие считают, что бактерии – первая форма жизни, зародившаяся на Земле.
4. «…240 миллиардов африканских слонов» (см. с. 20): W. В. Whitman et al., "Prokaryotes: The unseen majority," Proceedings of the National Academy of Sciences 95 (1998): 6578-83; J. S. Lipp et al., "Signifi cant contribution of Archaea to extant biomass in marine subsurface sediments," Nature 454 (2008): 991-94; M. L. Sogin et al., "Microbial diversity in the deep sea and the underexplored ’rare biosphere,’ " Proceedings of the National Academy of Sciences 103(2006): 12115-20.
5. «…отбор в действии» (см. с. 21): Бактерии, поедающие пластик. T. Suyama et al., "Phylogenetic affiliation of soil bacteria that degrade aliphatic polyesters available commercially as biodegradable plastics," Applied and Environmental Microbiology 64 (1998): 5008-11; E. R. Zettler et al., "Life in the ’plastisphere’: microbial communities on plastic marine debris," Environmental Science and Technology 47 (2013): 7137-46.
6. «…воды и бактерий – множества бактерий» (см. с. 22): Т. О. Stevens and J. P. McKinley, "Lithoautotrophic microbial ecosystems in deep basalt aquifers," Science 270 (1995): 450-54.
7. «…распространенной кишечной бактерии E.coli» (см. с. 23): Формальное название E.coli – Escherichia coli, в честь Теодора Эшериха, немецкого врача, открывшего ее в 1885 году в фекалиях здоровых людей и назвавшего Bacterium coli commune. В начале XX века ее переименовали в Escherichia coli. Хотя это самая известная бактерия в человеческом желудочно-кишечном тракте, на самом деле она обычно составляет не больше тысячной доли всех присутствующих в кишечнике бактерий. Поскольку E. coli очень легко вырастить в культуре, она стала модельным организмом для изучения биологии, биохимии и генетики клеточной жизни. У многих из пяти тысяч генов E. coli есть аналоги в человеческом теле.
8. «…и как должно быть всегда, пока миру не настанет конец» (см. с. 25): В 1993 году С. Дж. Гоулд написал рецензию в Nature на новую тогда книгу Э. О. Уилсона «Разнообразие жизни», где сказал, что Уилсон уже знает, что не существует какой-либо отдельной эпохи пресмыкающихся и млекопитающих; все они – лишь части вечной эпохи бактерий, и он об этом говорит (S. J. Gould, "Prophet for the Earth: Review of E. O. Wilson’s ’The diversity of life’," Nature 361 [1993]: 311-12.).