Краткий период своего служения в Гомеле о. Виталий впоследствии называл самым счастливым и радостным временем в своей жизни. Но уже в 1945 году он получает новое назначение на должность инспектора богословско-пастырских курсов, которые должны были открыться на территории Жировицкого
монастыря. Уже в 1947 году эти курсы были преобразованы в Минскую Духовную семинарию. Отец Виталий становится секретарём правления семинарии. Одновременно он совмещает должности преподавателя церковной истории, библиотекаря. Интересно, что основной фонд библиотеки собирал он сам, разъезжая по разным городам и скупая частные коллекции. Он сам выдавал книги, советовал студентам, что стоит прочесть. Отец Виталий был одним из самых любимых преподавателей семинарии, который, по воспоминаниям людей, учившихся у него, оказал неизмеримое влияние на всю духовную жизнь семинарии, на весь её строй и уклад, на каждого ученика. Отец Виталий уделял большое внимание получению студентами духовного образования, его завершённости и качеству. Он любил цитировать В. В. Болотова, который говорил, что самый страшный и опасный для церкви человек – это внешне благочестивый, но внутри полный лицемерия невежда, который утверждает в угоду своему невежеству: «Тако святии отцы рекоша», – а сам этих святых отцов и не читал. Отец Виталий к этому добавлял: «А нам надо читать и быть им верными». Итогом его служения в семинарии была замечательно организованная канцелярская, административная и научная работа. Служа в семинарии, о. Виталий учился заочно в Ленинградской духовной академии, которую закончил экстерном в 1953 году. Как говорили
семинаристы, учёба в академии сослужила плохую службу Минской семинарии, потому что в Ленинграде о. Виталия «заметили» и пригласили преподавать на кафедру Истории Древней Церкви, и с 1954 года о. Виталий становится преподавателем на кафедре В. В. Болотова. Он называет время работы в ЛДА временем исполнившейся мечты. Отец Виталий служит в Ленинградской духовной академии в 1954–1959 гг. В это время он пишет свою кандидатскую работу об Акакианской схизме, которая была представлена Учёному совету академии как выдающееся кандидатское сочинение. В эти годы им также написано исследование «О коллекции Авеллана», которое было опубликовано в первом сборнике вновь учреждённого издания Московской Патриархии «Богословские труды» в 1960 г. В ЛДА о. Виталий являлся одновременно и преподавателем церковной истории, и помощником инспектора.
В 1956 году к возобновившимся собеседованиям богословов и историков Русской православной и Англиканской церквей о. Виталий готовит доклад на тему «Символы веры и соборы». Сам о. Виталий об этом труде свидетельствовал, что он был написан весьма солидно, и со всеми положениями этого труда англикане согласились полностью, и, что самое главное, сам о. Виталий на этих собеседованиях, благодаря своей эрудиции и включённости в контекст обсуждавшихся проблем, обратил на себя внимание не только представителей англикан, но и сопредседателя на этих переговорах, митрополита Николая Ярушевича, который в то время возглавлял Отдел внешних церковных сношений.