Технопарк юрского периода. Загадки эволюции
Шрифт:
Все-таки белок?
Итак, все-таки белковая матрица, белковый код. Возможны ли они? Оказывается, эти термины звучат не так уж дико, более того, они даже существуют и применяются, правда, пока для особого класса явлений.
На одной из сессий общего собрания Академии наук СССР, специально посвященной молекулярной биологии, известный советский ученый Ю. Овчинников обронил такую фразу: «Первичная структура белков кодирует пространственную их структуру». .
Первичная структура - это определенная последовательность аминокислот, задаваемая нуклеиновым кодом. Но белок не существует в качестве вытянутых нитей. Прежде всего нить завита в спираль. Спираль - вторичная структура белка. Но самое важное - третичная структура: белок образует определенную конфигурацию,
Скажем, перегиб вправо, петля влево. Колено, восьмерка. К этому клубку страшно подступиться, он головоломен. Но сама белковая нить отлично «помнит», как она должна свернуться. Ее можно распрямить, денатурировать до вторичной или первичной структуры, например, нагревая. Вареный белок яйца - это денатурированный белок. Такой белок, лишенный своей третичной структуры, безжизнен. Если это фермент, то он теряет свои ферментные свойства. Но осторожная тепловая обработка может вернуть белку жизнь. Первичная структура - последовательность аминокислот - содержит в себе скрытую информацию о том, как надо свернуться. Эта скрытая информация закодирована в распределении радикалов (определенные химические группы способствуют изгибу нити), в размещении электрических зарядов: слабые водородные связи схватывают, скрепляют мостиками петли нити, оказавшиеся рядом. А обретая третичную структуру, конформацию, белок готов играть матричную роль уже на новом уровне. «При конструировании мембран, - пишет академик В.А-.Энгельгардт,- функционирует матрица третьего порядка. Она... сама имеет белковую природу».
На молекуле белка, имеющей третичную структуру, а потому очень прихотливо очерченной в пространстве (пазы, бугорки - все, как на образцовой матрице), собирается комплекс из молекул липида и другого белка. Такие комплексы штампуются в огромном числе, и белково-липидные мембраны, присутствующие во всех клетках организма, играют принципиальную роль в кипении жизни - регулируют обмен веществ.
Известному биохимику академику А. Баеву удалось тонкими и точными химическими воздействиями разрезать на две и даже на четыре части молекулу одной из транспортных РНК - валиновой т-РНК. Основная функция т-РНК - захватывать аминокислоту (в данном случае валин), приносить на место сборки белка и складывать свой груз на «сборочный конвейер» - рибосому. Соединяться с валином РНК может только в присутствии специального фермента. Разрезанные части РНК - четвертушки, половинки не желали соединяться с валином даже в присутствии фермента. Но смесь этих четвертушек, половинок - соединялась вела себя, как целая РНК. И это, несмотря на то что РНК оставалась разрезанной - ее молекулы не восстанавливались!
А, Баев объяснил поразительное явление тем, что белок-фермент играет в данном случае «роль своеобразной матрицы». Заполняя «пазы» и «углубления» на своей молекуле частицами раздробленной РНК, белок организует их: так размещает в пространстве, что они и теперь сообща могут выполнять свою работу, которую раньше делала целая молекула.
Таким образом, матричный - и очень точный!
– принцип действия не только не чужд белкам - он у них «в натуре».
Я уже упомянул, что в 1970 году Ф. Крик еще раз объявил запретным переход:
белок -> белок.
Примерно в это же время во Франции на Третьей конференции по происхождению жизни профессор Ф. Липман сделал сенсационное заявление, сущность которого сводится как раз к попытке отмены и этого запрета.
Ибо в лаборатории Ф. Липмана в Нью-Йорке, а одновременно в лаборатории К. Курахаси в Институте белка (Осака, Япония) в 1969 году был впервые синтезирован белок вне рибосом, то есть без участия нуклеиновых кислот. Роль матрицы исполняли другие белки - два фермента! Синтезирован был грамицидин, антибиотик. Конечно, это не настоящий белок: в его молекуле всего пять пар аминокислот. Но лиха беда начало: доказана способность ферментов быть матрицей для постройки биополимеров строго упорядоченной конструкции.
На конференции доклад Ф. Липмана вызвал взрыв споров и страстей. Выяснилось, что еще один антибиотик можно синтезировать вне рибосом, без нуклеиновых кислот. Возможно, и в живой природе удастся обнаружить «генетику без генов» - биосинтез белков на белковой же ферментной матрице, наследие далекого прошлого живых систем. Но где-то близко к началу к процессу должны были подключиться
Началось со скелетов?
Впрочем, и с идеей пра-ДНК ученые расставаться окончательно не спешат. Лет тридцать назад геолог В.В. Чернобровкин обратил внимание кристаллографа Э.Я. Костенецкого на одно удивительное совпадение. В двойной спиралевиной нити молекулы ДНК расстояние между ближайшими звеньями, основаниями - неважно, чья это ДНК, комара или человека - всегда одно и то же и составляет он 3,4 ангстрема. В мире исследователей кристаллов эта величина известна очень хорошо. Это размер элементарной ячейки кристалла апатита, одного из самых распространенных в природе минералов. И еще одно совпадение: апатит - один из немногих природных минералов, участвующих, наряду с белками, в строительстве многих живых организмов. В «раздачах скелетов», о которых рассказывалось в этой книге, апатит поучаствовал. Есть он и в наших костях и зубах... На этих двух совпадениях ученые разработали свой вариант теории самозарождения жизни, первичного синтеза прамолекул ДНК на естественной кристаллической матрице.
Оказалось, у апатита есть своего рода сродство с еще тремя минералами, участвующими или участвовавшими на разных стадиях эволюции в строительстве скелета многих организмов - кальцитом, арагонитом, кварцем. Ученые поставили множество экспериментов. При температуре примерно в двести градусов и при повышенном давлении - а в начальной истории Земли этап с такими почти «венерианскими» условиями, несомненно, был - в смеси этих кристаллов молекулы аммиака, метана, окиси углерода не просто спекались в белковоподобные вещества, но и, встраиваясь в кристаллическую структуру апатита и минералов-«свойственников», как на первичной матрице, строили высокоупорядоченные молекулы, весьма похожие на ДНК.
Мы не раз уже говорили о раздачах скелетов в ходе эволюции, как о своего рода внешних общегеохимических «бедствиях непреодолимой силы», к которым жизнь должна была приспосабливаться и лишь потом учиться использовать во благо. Здесь же нащупывается совсем иное. Без скелетообразующих кристаллов жизнь, возможно, вообще не могла бы сделать и самых первых шажков. Послужив матрицей вначале, природные кристаллы потом уже в этом качестве не использовались, но и никуда не уходили, всегда были рядом с порожденными при их, можно сказать, родительском участии живыми организмами, и еще и еще раз оказывали эволюции мощную поддержку в критические ее моменты. Как тут не вспомнить о поразительном провидении Дж. Бернала, который писал о будущей «обобщенной кристаллографии», где жизнь - просто частный случай великих законов самоорганизации вещества Вселенной...
Вот и в данном случае ученые стали перебирать малоразработанные, но удивительно интересные факты из области «биоминералогии». Среди ископаемых и ныне живущих одноклеточных организмов - водорослей, радиолярий, фораминифер и многоклеточных - например губок - есть такие, чей скелет образован «органоминеральным» кристаллическим веществом, состоящим на 20- 30 процентов из органики, а в остальном из кристалла. В индивидуальном развитии такого организма идет процесс минерализации - замещения биомолекул минералом, причем законы кристаллографии и биохимии здесь теснейше переплетены. Сейчас уже ясно, что когда-то под высоким давлением в раскаленной сухой среде мог преобладать этот же процесс, только с другим знаком. Да, да. Преджизнь на каком-то этапе прошла через горячую безводную фазу первичного синтеза... И когда поверхность планеты несколько остыла и появились лужи и моря, в них уже плавали и растворялись множество таких первых «кентавров», полукристаллов-полуорганизмов, биокристаллов, готовых стать жизнью... Сегодня Э.Я. Костенецкий настаивает на том, что и дальнейшая эволюция живого шла в огромной степени под действием законов кристаллографии.