Но и после постановки „Бориса Годунова“, восторженно приветствуемого радикально настроенной молодежью, гонения на „Бориса“ не прекратились. Ходили слухи, что опера не нравилась царской фамилии, что к ней крайне настороженно
относилась цензура. Вследствие этого театральная дирекция, не имея возможности снять сразу „Бориса“ с репертуара из-за его исключительного успеха, пошла по линии „охранных“ мероприятий, выразившихся в изъятии наиболее политически острых мест оперы, которые в то же время были и наиболее совершенными. Под предлогом якобы несвязанности сцены под Кромами с предшествующими действиями оперы и тем, что будто бы после сцены смерти Бориса опера логически завершена, вторая картина IV акта была изъята.
Что касается Мусоргского, то измученный театрально-цензурными преследованиями, он не протестовал, боясь окончательного снятия „Бориса“ с репертуара. Но не мог не протестовать Стасов. Он не побоялся того, что в условиях политически напряженной ситуации протест против купюр в „Борисе“ будет рассматриваться как защита революционного произведения, к тому же забракованного двором, а смело выступил в защиту его в печати. Он защищал „Бориса“ не только потому, что исключительно высоко оценивал
эту оперу, в которой с предельной образностью и силой была дана вся „Русь пододонная“; он вступался и за авторские права русских композиторов, постоянно ущемляемые театральной дирекцией. Считая недопустимыми любые изменения и купюры, вносимые посторонней рукой в чьи-либо произведения, он неоднократно выступал с горячим протестом против существующих безобразий. Еще в статье „Мученица нашего времени“, 1859 года (Собр. соч., т. III), говоря о „Руслане и Людмиле“ Глинки, Стасов писал: „В построении музыкального сочинения царствуют свои законы, точно так же, как в построении всякого вообще художественного произведения; отрывать или обрезывать части этого организма, то же самое, что, например, у живого человека отрезывать руку или от руки пальцы“.
Защита Стасовым „Бориса Годунова“ Мусоргского не достигла, однако, желаемых результатов. В Мариинском театре оперу продолжали ставить без сцены под Кромами, сохранив в то же время и ранее внесенные купюры: изымалась сцена в келье, запрещенная духовной цензурой, фрагмент „с курантами“, сцена с попугаем и др. Лишь в постановке 1904 года сцена под Кромами была восстановлена.