Cуперкомпьютеры: администрирование
Шрифт:
На суперкомпьютерах эта технология вообще может быть отключена в BIOS каждого узла, чтобы не вносить дополнительных трудностей в работу параллельных программ. Как правило, эта технология не приносит ускорения для вычислительных программ. Если вы используете небольшой набор программ на суперкомпьютере, проверьте их работу с включённым и отключённым HyperThreading и выберите лучший вариант. Обычно мы рекомендуем включить её, но при этом указать системе управления заданиями число ядер, как с отключённым HT. Это позволяет получить дополнительные ресурсы для системных сервисов, минимально влияя на работу вычислительных заданий.
Ещё одна особенность архитектуры касается уже не отдельного, а нескольких узлов.
Адаптер InfiniBand, используя технологию DMA, предоставляет возможность обращаться в память удалённого узла без участия процессора на удалённом узле (технология Remote Direct Memory Access, или RDMA). В этом случае возникнет необходимость синхронизации кэшей процессоров (данный аспект мы не будем рассматривать подробно). Применение технологии RDMA позволяет решить некоторые проблемы масштабируемости и эффективности использования ресурсов.
Существует достаточно серьёзная критика данной технологии. Считается, что модель двухстороннего приёма-передачи (two-sided Send/Receive model), применяемая в суперкомпьютерах компании Cray (коммуникационная сеть SeaStar) и в коммуникационных сетях Quadrics QsNet, Qlogic InfiniPath и Myrinet Express, более эффективна при использовании параллельной среды программирования MPI. Конечно, это не исключает эффективного использования технологии RDMA, но применение её ограничено. В большинстве практических приложений использование RDMA даёт снижение латентности, но на больших приложениях (сотни узлов) может вылиться в чрезмерное использование системной памяти.
Краткое резюме
Знание аппаратуры, основных принципов работы ваших сетей, хранилищ данных и прочих «железных» компонент очень важно для администратора суперкомпьютера. Без этих знаний часто бывает невозможно решить проблемы, возникающие в таких вычислительных комплексах.
Ключевые слова для поиска
Глава 3. Как работает суперкомпьютер
Рассмотрим стек ПО, который необходим для обеспечения работы суперкомпьютера. Очевидно, что в первую очередь это операционная система, затем системное ПО, которое требуется для работы аппаратной части, – драйверы и т. п., а также ПО для файловой системы.
Следующая часть – набор ПО для организации загрузки и ПО для удалённого доступа. Далее – система контроля запуска заданий (система очередей, batch system). Потом следует ПО, необходимое для работы параллельных программ: готовые параллельные пакты и библиотеки – MPI, Cuda и т. п.
Обязательный компонент – компиляторы и дополнительные библиотеки, часто требующиеся для вычислительных программ, такие как BLAS, FFT и др. Для организации полноценного управления суперкомпьютером также потребуются ПО для организации резервного копирования, мониторинга, ведения статистики, визуализации состояния суперкомпьютера.
Как происходит типичный сеанс пользователя
Существует множество вариантов организации работы
Итак, пользователь работает на своём компьютере – рабочей станции, ноутбуке, планшете и т. п. Для начала сеанса он запускает ssh-клиент (putty, openssh и т. п.), вводит адрес, логин, указывает пароль или файл с закрытым ключом (или загружает профиль, где всё это уже указано) и открывает соединение с суперкомпьютером. Попав на узел доступа, пользователь может отредактировать и откомпилировать собственную параллельную программу, скопировать по протоколу sftp входные данные. Для запуска программы пользователь выполняет специальную команду, которая ставит его задание в очередь. В команде он указывает число требуемых процессов, возможно, число узлов и другие предпочтения, а также свою программу и её аргументы. Пользователь может проверить статус своего задания, посмотреть список заданий в очереди. Если он понял, что в программе ошибка, то может снять её со счёта или удалить из очереди, если она ещё не запустилась.
При необходимости можно поставить в очередь и несколько заданий (например, если нужно обработать несколько наборов входных данных). После того как задание поставлено в очередь, его ввод/вывод будет перенаправлен в файлы, поэтому можно спокойно завершить сеанс и проверить состояние задания или посмотреть/скачать результаты позже, в другом сеансе. Большинство систем управления заданиями позволяют запустить задание и интерактивно, связав её ввод/вывод с терминалом пользователя. В этом случае придётся оставлять сеанс открытым до тех пор, пока задание стоит в очереди и работает.
Вся работа происходит в командной строке, поэтому пользователь должен знать минимальный набор команд Linux (как правило, это не составляет проблем). Элементарного самоучителя Linux или даже странички на сайте с описанием нужных команд обычно бывает достаточно. Для управления файлами многие пользователи применяют программу Midnight Commander (mc), которая ещё больше упрощает задачу.
Жизненный цикл задания
Типичное задание на суперкомпьютере проходит несколько фаз. Первая – постановка задания в очередь. На этом этапе пользователь указывает путь к исполняемой программе, её аргументы и параметры запуска, такие как число MPI-процессов, число узлов, требования к ним и т. д. Явно или неявно пользователь указывает также способ запуска задания – через команду mpirun (для MPI-приложений), как обычное приложение и т. д.
Система управления заданиями регулярно проверяет, можно ли запустить новую задание, просматривая очередь. Как только наше задание подойдёт к началу очереди или по каким-то иным критериям подойдёт для запуска, система управления (точнее, её планировщик) выберет набор узлов, на которых будет произведён запуск, оповестит их, возможно, выполнит скрипт инициализации (так называемый пролог) и приступит к запуску задания.
Фаза запуска может отличаться в разных системах, но общий смысл одинаков: на вычислительном или управляющем узле запускается стартовый процесс, например mpirun, которому передаётся список узлов и другие параметры. Этот процесс запускает на вычислительных узлах рабочие процессы задания – самостоятельно (через ssh) или используя помощь системы управления заданиями. С этого момента система управления заданиями считает, что задание работает. Она может отслеживать состояние рабочих процессов на узлах, если это поддерживается, или отслеживать только состояние стартового процесса. Как только стартовый процесс завершается либо задание снимается со счёта принудительно (пользователем или самой системой управления), задание переходит в фазу завершения.