Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир
Шрифт:
Спасибо Серхио, Мигелю, Пабло, Джесси, Чило и всем остальным сотрудникам кафе Espresso Roma, а также его владельцам Мигелю и Марии Кортес за отличный кофе и чудесную атмосферу, в которой приятно думать и писать.
Дэвид Рабука и Фил Нельсон читали все главы в черновиках и великодушно давали мне свои развернутые, полезные и полные энтузиазма комментарии. Я очень рад, что могу поблагодарить их на этих страницах. Фил к тому же помог мне запустить этот проект, не только ободрив словом, но и познакомив меня с моим будущим редактором Джессикой Яо из Princeton University Press. Огромное спасибо Джессике,
Наконец, я глубоко признателен своей жене Джули и детям Кирану и Сурьяну, которые неизменно радуют меня и которые стойко терпели, пока я часами перекраивал предложения и рисовал ДНК.
Рекомендуемая литература
В классических учебниках биологии излагаются многие надежно установленные факты, относящиеся главным образом к первой части книги. См., например:
Alberts B. et al. Molecular Biology of the Cell (6th ed.). NY: W. W. Norton, 2014. Четвертое издание находится в открытом доступе: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=mboc4.
Из великолепных учебников биофизики, составленных для продвинутых студентов бакалавриата и магистратуры, я выделю следующие:
Nelson P. Biological Physics: Energy, Information, Life. Philadelphia: Chiliagon Science, 2020.
Phillips R. et al. Physical Biology of the Cell (2nd ed.). London: Garland Science, 2012.
Bialek W. Biophysics: Searching for Principles. Princeton, NJ: Princeton University Press, 2012.
Примечания
Введение
1 Smith B. K. Classifying animals and humans in ancient India. Man. 1991; 26: 527–548.
2 Thompson D. W. On Growth and Form. Cambridge, UK: Cambridge University Press, 1942.
3 Hayashi T., Carthew R. W. Surface mechanics mediate pattern formation in the developing retina. Nature. 2004; 431: 647–652.
4 Puklin-Faucher E., Sheetz M. P. The mechanical integrin cycle. Journal of Cell Science. 2009; 122: 179–186; del Rio A. et al. Stretching single talin rod molecules activates vinculin binding. Science. 2009; 323: 638–641.
5 Henderson D. A. The eradication of smallpox – an overview of the past, present, and future. Vaccine. 2011; 29: D7 – D9.
Глава 1. ДНК: код и спираль
1 Nelkin D., Lindee M. S. The DNA Mystique: The Gene as a Cultural Icon. W. H. Freeman, 1995.
2 Gallery puts DNA in the frame. BBC News. 2001; September 19 (http://news.bbc.co.uk/2/hi/entertainment/1550864.stm).
3
4 Goldenfeld N. Lectures on Phase Transitions and the Renormalization Group. Reading, MA: Addison-Wesley, 1972; Peyrard M. Biophysics: Melting the double helix. Nat. Phys. 2006; 2: 13–14; Peyrard M. Nonlinear dynamics and statistical physics of DNA. Nonlinearity. 2004; 17: R1 – R40.
5 Mullis K. B. The unusual origin of the polymerase chain reaction. Sci. Am. 1990; 262: 56–65.
Глава 2. Белки: молекулярное оригами
1 de Chadarevian S. John Kendrew and myoglobin: Protein structure determination in the 1950s. Protein Science. 2018; 27: 1136–1143. Об истории рентгеновской кристаллографии: Brooks-Bartlett J. C., Garman E. F. The Nobel science: One hundred years of crystallography. Interdisciplinary Science Reviews. 2015; 40: 244–264; Jaskolski M. et al. A brief history of macromolecular crystallography, illustrated by a family tree and its Nobel fruits. FEBS Journal. 2014; 281: 3985–4009.
2 Изображение белка GFP основано на структуре 1EMA из Protein Data Bank: https://www.rcsb.org/structure/1EMA; Ormo M. et al. Crystal structure of the Aequorea victoria green fluorescent protein. Science. 1996; 273: 1392–1395.
3 Day R. N., Davidson M. W. The fluorescent protein palette: Tools for cellular imaging. Chem. Soc. Rev. 2009; 38: 2887–2921; Rodriguez E. A. et al. The growing and glowing toolbox of fluorescent and photoactive proteins. Trends in Biochemical Sciences. 2017; 42: 111–129; Shaner N. C. The mFruit collection of monomeric fluorescent proteins. Clin. Chem. 2013; 59: 440–441.
4 О структуре калиевых каналов: Kuang Q. et al. Structure of potassium channels. Cell Mol. Life Sci. 2015; 72: 3677–3693.
5 Изображение кинезина основано на структуре белка 1N6M из Protein Data Bank: https://www.rcsb.org/structure/1N6M; Yun M. et al. Rotation of the stalk/neck and one head in a new crystal structure of the kinesin motor protein. Ncd. EMBO Journal. 2003; 22: 5382–5389.