Жизнь на скорости света. От двойной спирали к рождению цифровой биологии
Шрифт:
Фон Нейман, упорно следуя своему исходному понятию репликатора, придумал чисто логический автомат, не требующий физического носителя и целого моря деталей, а основанный на изменяющемся состоянии ячеек в решетке. Его коллега по Лос-Аламосу (где они работали в проекте «Манхэттен») Станислав Улам предложил фон Нейману использовать для разработки его устройства математическую абстракцию вроде той, которую сам Улам применял для изучения роста кристаллов. Фон Нейман представил получившийся «самовоспроизводящийся автомат» – первый клеточный автомат – на Ванаксемских лекциях о «Машинах и организмах» в Принстонском университете между 2 и 5 марта 1953 года.
Попытки моделирования жизни продолжались, но тут изменилось наше понимание биологии, лежащее в их основе: 25 апреля 1953 года Джеймс Уотсон и Фрэнсис Крик опубликовали в журнале Nature {34} ключевую статью «Молекулярное строение нуклеиновых кислот: структура дезоксирибонуклеиновой кислоты». Их работа, выполненная в Кембридже (Англия)
34
Watson, J. D., and F. H. Crick (April 1953). “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid.” Nature, 171 (4356), стр. 737–738.
Начало попыток создания другого рода самовоспроизводящихся автоматов, как и начало исследований искусственной жизни, датируются примерно этим же периодом, когда стали использоваться первые современные компьютеры. Открытие кодированной природы генетической информационной системы жизни естественным образом привело к параллели с машинами Тьюринга. Сам Тьюринг в своей важнейшей статье 1950 года об искусственном интеллекте обсуждал, что выживание наиболее приспособленных – это «медленный метод», который можно было бы подтолкнуть, и не в последнюю очередь потому, что экспериментатор не ограничен случайными мутациями {35} . Многие поверили, что искусственная жизнь появится из сложных логических взаимодействий в компьютере.
35
Turing, A. M. “Computing Machinery and Intelligence.” Mind, New Series, Vol. 59, № 236, октябрь 1950, стр. 433–460.
В этой точке сошлись разные течения мысли: теории фон Неймана с его работами по ранним компьютерам и самовоспроизводящимся автоматам; Тьюринга, поставившего основные вопросы о машинном разуме {36} ; и американского математика Норберта Винера, который применил идеи из теории информации и саморегулирующихся процессов к живым существам в области кибернетики {37} , описав это в своей книге «Кибернетика», выпущенной в 1948 году. Было много последовательных попыток возжечь в компьютере жизнь. Одна из самых ранних случилась в Институте перспективных исследований в Принстоне в 1953 году, когда норвежско-итальянский генетик-вирусолог Нильс Аол Барричелли провел эксперименты «с целью проверить возможность эволюции, сходной с таковой у живых организмов, в искусственной вселенной» {38} . Он сообщил о различных «биофеноменах», например об успешном скрещивании родительских «организмов», роли пола в эволюционных изменениях и роли сотрудничества в эволюции {39} .
36
http://www.loebner.net/Prizef/TuringArticle.html
37
Bedau, Mark A. “Artificial life: organization, adaptation and complexity from the bottom uстр.” Trends in Cognitive Sciences (November 2003). http://people.reed.edu/~mab/publications/papers/BedauTICS03.pdf
38
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 3.
39
http://www.edge.org/3rd_culture/dyson/dyson_p2.html
Возможно, наиболее убедительный эксперимент по созданию искусственной жизни был проведен несколько десятилетий спустя, в 1990 году, когда Томас Рэй из Делавэрского университета создал первое впечатляющее приближение к дарвиновской эволюции в компьютере. В его модели организмы – компьютерные подпрограммы – боролись за память (пространство) и вычислительные мощности (энергию) в специально выделенном «заповеднике» внутри машины. Для этого ему пришлось преодолеть ключевое препятствие: языки программирования «хрупкие», в них единичная мутация – строчка, буква или точка не в том месте – останавливает программу. Рэй предложил некоторые изменения, после которых мутации с меньшей вероятностью выключали его программу. Потом последовали другие варианты компьютерной эволюции, например Avida {40} , программа, созданная группой из Калифорнийского технологического института (Калтеха) в начале 1990-х для изучения эволюционной биологии самовоспроизводящихся компьютерных программ. Исследователи считали, что с ростом мощности компьютера они смогут создать более сложные существа – чем богаче компьютерная среда, тем богаче
40
http://www.mitpressjournals.org/doi/abs/10.1162/106454604773563612
Даже сегодня есть такие, как Джордж Дайсон, который в своей книге «Собор Тьюринга» (2012) утверждает, что примитивные осколки реплицирующихся программ из вселенной Барричелли – это предки линий мультимегабайтных программ, плодящихся в современной цифровой вселенной, во Всемирной сети и за ее пределами {41} . Он утверждает, что теперь есть вселенная самовоспроизводящихся цифровых записей, которая прирастает на триллионы бит в секунду, «вселенная чисел с собственной жизнью» {42} . Эти виртуальные ландшафты расширяются экспоненциально и, как наблюдал сам Дайсон, начинают становиться цифровым аналогом вселенной ДНК.
41
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 336.
42
http://edge.org/conversation/a-universe-of-self-replicating-code/
Но эти виртуальные пастбища на самом деле относительно скудны. В 1953 году, всего через полгода после попытки создать эволюцию в искусственной вселенной, Барричелли обнаружил серьезные барьеры, в которые упирается любая попытка породить искусственную жизнь в компьютере. Он сообщал, что «для того чтобы объяснить формирование таких сложных органов и способностей, как у живых организмов, чего-то не хватает… Сколько бы мы ни делали мутаций, цифры всегда останутся цифрами. Цифры сами по себе никогда не станут живыми организмами! {43} »
43
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 233.
Искусственная жизнь в своем исходно задуманном виде обрела новое виртуальное существование в форме игр и кинофильмов: смертоносный Hal 9000 из «Одиссеи 2001 года», кровожадный Скайнет из фильмов о Терминаторе, злонамеренные машины в «Матрице». Однако реальность пока сильно отстает. В компьютерной искусственной жизни нет разницы между генетической последовательностью (генотипом) произведенного организма и ее физическим выражением – фенотипом. В случае с живой клеткой текст ДНК выражается в форме РНК, белков и клеток, образующих все физические субстанции жизни. Искусственные системы жизни быстро выдыхаются, потому что генетические возможности в компьютерной модели не имеют открытого финала, но предопределены. В отличие от биологического мира, исход компьютерной эволюции заложен еще при ее программировании.
В науке предметы химии, биологии и информатики счастливо сошлись в моей дисциплине – геномике. Цифровые компьютеры, созданные ДНК-машинами (людьми), теперь научились читать зашифрованные в ДНК инструкции, анализировать их и писать, чтобы создавать новые разновидности ДНК-машин (синтетическую жизнь). Когда мы объявили о создании первой синтетической клетки, некоторые спрашивали нас, не «играем ли мы в Бога». В ограниченном смысле я полагаю, что играем – поскольку мы показали этим экспериментом, что для создания новой жизни Бог необязателен. Я считал, что созданием синтетической жизни из химикатов мы наконец-то раз и навсегда отправили на покой последние остатки виталистических представлений. Но, кажется, я недооценил, до какой степени современное научное мышление все еще пронизано виталистическими установками. Установка – это враг научного прогресса. Установка, что генетический материал – это белки, задержала открытие ДНК как носителя информации примерно на полвека.
В течение второй половины ХХ века мы пришли к пониманию, что ДНК и есть шрёдингеровская «кодированная запись», расшифровали ее сложный смысл и начали представлять, как именно она направляет жизненные процессы. Это эпическое приключение в понимании отметило рождение новой эры в науке – той науке, что лежит на стыке биологии и технологии.
Глава 3. Начало цифрового века в биологии
Если мы были правы, что, конечно, еще не доказано, то это значит, что нуклеиновые кислоты – не только структурно важные, но и функционально активные вещества в определении биохимических активностей и специфических характеристик клеток, и что посредством известных химических веществ возможно индуцировать предсказуемые и наследуемые изменения в клетках. Это было давнишней мечтой генетиков.
44
Avery, O. T. Letter quoted by R. D. Hotchkiss. “Gene, transforming principle, and DNA.” In Phage and the Origins of Molecular Biology, edited by J. Cairns, G. S. Stent, and J. D. Watson. Cold Spring Harbor, N. Y.: Cold Spring Harbor Laboratory of Quantitative Biology, 1966.