Чтение онлайн

на главную - закладки

Жанры

Человек редактированный, или Биомедицина будущего
Шрифт:

Рис. 6. Нуклеазы типа цинковых пальцев

Среди трех миллиардов букв, составляющих генетический текст ДНК, группа из трех-четырех букв попадается довольно часто. А вот если мы возьмем сочетание пяти-шести цинковых пальцев, которые однозначно определят последовательность примерно пятнадцати-семнадцати нуклеотидов генетического текста, то с вероятностью девяносто девять целых и девять десятых процента это будет уникальная последовательность среди трех миллиардов букв.

Конечно, для того чтобы этого добиться, тоже потребовалась большая работа. Цинковые пальцы были исследованы вдоль и поперек, и для каждого пальца специалисты изучили специфичность распознавания ими определенных сочетаний нуклеотидов. С помощью этого знания, используя рекомбинантные

технологии, исследователи смогли создать искусственные сочетания цинковых пальцев, которые бы распознавали с полной определенностью нужный фрагмент генетического текста внутри клетки.

Сейчас изучены шестьдесят четыре цинковых пальца, которые могут распознавать шестьдесят четыре различные комбинации из трех нуклеотидов, входящих в последовательность ДНК. Исследователи научились достаточно точно распознавать очень конкретные слова генетического текста, с точностью до одной буквы, до одного нуклеотида, — и все это внутри живой клетки. Теперь, опять-таки с помощью рекомбинантных технологий, нужно было к распознающей части цинковых пальцев, которые у нас есть, дополнительно синтезировать и вставить в ту же самую белковую молекулу специальный белковый фрагмент, который обладает нуклеазной активностью. Это значит, что он может нарушать ковалентные связи в молекуле ДНК, то есть разрезать нить ДНК в том месте, где цинковые пальцы распознали определенную последовательность букв генетического текста.

Если мы знаем, какой конкретно генетический текст нужно исправить из-за наличия в нем мутации, и есть определенный нуклеотид, который нуждается в замене, то следующим шагом должна быть эта самая замена с помощью гомологичной генетической рекомбинации.

Технология использования нуклеаз типа цинковых пальцев активно развивалась в первое десятилетие XXI века. Очень большой вклад в разработку нуклеаз цинковых пальцев и связанных с ними методов редактирования генома внес американский генетик российского происхождения Федор Урнов. Однако у этого метода обнаружились и некоторые недостатки. Ограниченное количество известных цинковых пальцев значительно сужает применимость подхода для распознавания любого генетического текста. К тому же эта технология оказалась очень трудозатратной и дорогостоящей, так как для каждой конкретной мишени надо было разрабатывать особую нуклеазу цинковых пальцев, и на это уходило шесть — девять месяцев.

Конструкции TALEN

В 2010 году был открыт новый, более перспективный инструмент, позволяющий распознавать и разрезать последовательности генетического текста с большим успехом, чем нуклеазы цинковых пальцев. Это были особые искусственные конструкции, полученные из бактерий растений. Они были названы TALEN (Transcription activator-like effector nucleases), что расшифровывается как эффекторные нуклеазы, схожие с активаторами транскрипции. Распознаванием букв ДНК в них занимаются особые белковые домены, каждый из которых распознает только один нуклеотид. В природе есть прототипы таких доменов: это белки некоторых бактерий-паразитов, живущих в клетках сельскохозяйственных растений. Попадая в ядро растительной клетки, эти бактериальные белки имитируют транскрипционные факторы и связываются с определенными участками ДНК, активируя гены, необходимые для выживания паразита.

МЕТОД ГОДА

Термин геномное редактирование возник в конце первого десятилетия нынешнего века, а в 2011 году редактирование генома было признано методом года. Название метода подразумевало, что внутри клетки мы можем найти короткую последовательность генетического текста, состоящую примерно из пары десятков нуклеотидов, и заменить в ней хотя бы одну букву.

Вариабельность нуклеаз TALEN гораздо больше, чем у белков типа цинковых пальцев, и направлять нуклеазы можно даже более точно. Но это опять белок который каким-то образом надо сделать рекомбинантным и проверить эффективность его связывания c нашей последовательностью ДНК, которая является мишенью. Потом к нему должен быть присоединен фермент, обладающий нуклеазной активностью, то есть разрезающий ДНК в нужном месте. Это тоже достаточно сложно и трудоемко, к тому же взаимодействие двух разных белковых доменов может быть неоднозначным, да и специфичность не всегда возрастает. Тем не менее открытие TALEN'ов повысило интерес человека к точному редактированию генома.

Но почему надо обязательно заменять? Мы можем просто разрезать ДНК и не производить никакой гомологичной рекомбинации. Тогда, естественно, работа клетки нарушится. Как ни странно, это тоже инструмент, ведь для того, чтобы изучить работу гена в живой системе, нужно этот ген удалить и посмотреть, что будет без него. Этот стандартный исследовательский прием получил название генетический нокаут, или вышибание гена. В 2010 году была присуждена

Нобелевская премия за разработку генетического нокаута с использованием эмбриональных стволовых клеток на экспериментальных моделях — мышах. Там тоже все основывалось на гомологичной рекомбинации, но если в природе такая рекомбинация происходит с частотой 10– 6– 10– 7 событий на одну клетку, то в системе редактирования генома за счет внесения разрыва ДНК в нужном месте эффективность этого процесса повышается на три-четыре порядка. Это принципиально меняет трудозатраты и подход.

Но в 2013 году ситуация в технологии редактирования генома кардинально изменилась: мир заговорил о CRISPR/Cas9 — эта загадочная аббревиатура сегодня в первую очередь ассоциируется с тем, что мы называем геномным редактированием, а за открытие, которое за ней скрывается, была вручена Нобелевская премия по медицине 2020 года.

Революционная система CRISPR/Cas9

Впервые в мире биологии, биотехнологии, наук о жизни аббревиатура CRISPR прозвучала в 2002 году, но сегодня все специалисты в этих областях знают, что за непонятными буквами CRISPR скрывается очень большое научное открытие. Может быть, со временем оно даже будет оценено как одно из великих открытий первых десятилетий XXI века.

Расшифровывается эта аббревиатура тоже не слишком понятно: Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats. По-русски: кластеризованные (расположенные группами) регулярно прерывающиеся короткие палиндромные повторы (напомню, что палиндромы — это слова-перевертыши, такие как слово «или», известная фраза «А роза упала на лапу Азора»).

На самом деле история этого открытия уходит в начало 1990-х годов. Конечно, начали с простейшего — микроорганизмов. И вот когда ученые стали расшифровывать генетический текст, составляющий геном микроорганизмов, как раз и была обнаружена эта странность — короткие палиндромные повторяющиеся фрагменты генетического текста в геноме бактерий, причем разных. Схематично это выглядело так: «или», «а роза азора», «или», «упала на лапу», «или»...

Было совершенно непонятно, к чему эти «или» могут относиться, и необычный феномен оставался загадкой очень долго. Понять, с чем имеют дело, ученые смогли только благодаря тому, что технологии секвенирования и анализа генетического текста совершенствовались все это время, а база знаний о геномах различных организмов постоянно пополнялась. Это может показаться удивительным, но в 2005 году сразу трем независимым группам исследователей удалось сделать шаг в понимании системы CRISPR. Именно широкомасштабное внедрение технологии секвенирования (напомним, что это специальный технологический процесс чтения генома, последовательности нуклеотидов ДНК) и компьютерного анализа генетического текста, который сегодня составляет отдельное направление исследований под названием биоинформатика, позволили сделать этот шаг.

Группа испанских ученых с помощью биоинформационных подходов анализировала геномы бактерий, которые уже были секвенированы и генетические тексты которых находились в базах данных, и обнаружила там коротенькие фрагменты бактериофагов — вирусов бактерий, разделенных «или», «упала на лапу». Как говорили раньше, произошло «открытие на кончике пера», только теперь вместо пера были принтер и компьютер. Две группы из Франции совершенно независимо секвенировали уже другие бактериальные геномы, которых еще не было в базах данных, и тоже обнаружили там маленькие кусочки генетического текста бактериофагов, разделенные повтором «или», «а роза азора» либо другими. Пазл понемногу начинал складываться. У бактерий в геноме есть фрагменты генетического текста их врагов — бактериофагов, то есть вирусов бактерий. Кусочки текста короткие, два десятка нуклеотидов. Это не то, что обнаружил Ледерберг, когда описывал интеграцию целого бактериофага в геном бактерии. Да и не одному бактериофагу принадлежат эти кусочки — они относятся к абсолютно разным бактериальным паразитам, которых у бактерий, как и у нас, великое множество. Это маленькие фрагменты чужого текста, разделенные палиндромами. Исследователи одной из французских групп заметили, что те штаммы бактерий, которые имели в своем геноме фрагмент бактериофага А, оказывались к нему устойчивы, не погибали. Те, которые имели фрагмент от Б, были устойчивы к Б. Но только вторая группа французских исследователей, обнаружив такое же явление, предположила, что в формирование этих структур вовлечена фрагментация (нарезание) ДНК продуктами генов с нуклеазной активностью, которые находились рядом с кластером CRISPR, поэтому соответствующие гены получили название CRISPR associated (ассоциированные с CRISPR), или Cas-гены. Более того, исследователи даже предположили, что это все нужно бактериальной клетке для борьбы с чужеродной ДНК. Это была их гипотеза. Доказательств еще не было, но уже предвиделась роль CRISPR/Cas.

Поделиться:
Популярные книги

Безумный Макс. Поручик Империи

Ланцов Михаил Алексеевич
1. Безумный Макс
Фантастика:
героическая фантастика
альтернативная история
7.64
рейтинг книги
Безумный Макс. Поручик Империи

Выйду замуж за спасателя

Рам Янка
1. Спасатели
Любовные романы:
современные любовные романы
7.00
рейтинг книги
Выйду замуж за спасателя

Наследник

Шимохин Дмитрий
1. Старицкий
Приключения:
исторические приключения
5.00
рейтинг книги
Наследник

Башня Ласточки

Сапковский Анджей
6. Ведьмак
Фантастика:
фэнтези
9.47
рейтинг книги
Башня Ласточки

Неудержимый. Книга XVII

Боярский Андрей
17. Неудержимый
Фантастика:
фэнтези
попаданцы
аниме
5.00
рейтинг книги
Неудержимый. Книга XVII

Мастер Разума II

Кронос Александр
2. Мастер Разума
Фантастика:
героическая фантастика
попаданцы
аниме
5.75
рейтинг книги
Мастер Разума II

Генерал Скала и ученица

Суббота Светлана
2. Генерал Скала и Лидия
Любовные романы:
любовно-фантастические романы
6.30
рейтинг книги
Генерал Скала и ученица

Кодекс Охотника. Книга XIII

Винокуров Юрий
13. Кодекс Охотника
Фантастика:
боевая фантастика
попаданцы
аниме
7.50
рейтинг книги
Кодекс Охотника. Книга XIII

Попаданка в Измену или замуж за дракона

Жарова Анита
Любовные романы:
любовно-фантастические романы
6.25
рейтинг книги
Попаданка в Измену или замуж за дракона

Купи мне маму!

Ильина Настя
Любовные романы:
современные любовные романы
5.00
рейтинг книги
Купи мне маму!

Случайная свадьба (+ Бонус)

Тоцка Тала
Любовные романы:
современные любовные романы
5.00
рейтинг книги
Случайная свадьба (+ Бонус)

Наследница долины Рейн

Арниева Юлия
Любовные романы:
любовно-фантастические романы
5.00
рейтинг книги
Наследница долины Рейн

Сын Багратиона

Седой Василий
Фантастика:
попаданцы
альтернативная история
4.00
рейтинг книги
Сын Багратиона

Лекарь для захватчика

Романова Елена
Фантастика:
попаданцы
историческое фэнтези
фэнтези
5.00
рейтинг книги
Лекарь для захватчика